Red Flag Linux xuất hiện lần đầu vào tháng 8/1999, khi nó được tạo ra bởi Viện nghiên cứu phần mềm tại Viện Khoa học Trung Quốc (Chinese Academy of Sciences). Được hỗ trợ từ Quỹ đầu tư mạo hiểm Shanghai NewMargin Venture Capital thuộc sở hữu của chính phủ. Tháng 3 năm 2001, Bloomberg News đưa tin CCIDNET Investment, một doanh nghiệp trực thuộc Bộ Công nghiệp - Thông tin, trở thành cổ đông lớn thứ hai của Red Flag.

Trong một bế tắc với Microsoft vào tháng 1/2000 sau nhiều năm căng thẳng với Microsoft vì hãng này không quản lý tốt sự phát triển của Microsoft Venus, Chính phủ Trung Quốc đã yêu cầu gỡ bỏ Windows 2000 trên các máy tính của họ và chuyển sang Red Flag Linux.[1]

Tháng 1/2006, Red Flag Linux tham gia Open Source Development Labs.